南吕镇位于屯昌县南部，距县城15千米。其境东邻中建农场，南连乌坡镇，西南接枫木镇，西界南坤镇，北依黄岭乡、坡心乡（现屯城镇）。全镇辖1个社区（南吕社区）、14个行政村。屯昌至乌坡公路过境，海榆中线（国道224）由北向西南穿过全境。