吉木萨尔县位于新疆维吾尔自治区天山北麓东端，准噶尔盆地东南缘，东经88°30′～89°30′，北纬43°30′～45°，东邻奇台县，西与阜康市接壤，北越卡拉麦里岭和富蕴县相连，南以博格达山分水岭同吐鲁番地区、乌鲁木齐市为界。县城吉木萨尔镇。全县总面积8848平方公里，下辖5乡4镇，206个行政村。