水吉镇位于建阳区东部中心，南浦溪中游。地理位置在东经118`14'--118`25'，北纬27`31'--27`30'之间，海拔142米。东部漳坊镇，西以尤岭童游镇衔接。南与小湖镇毗邻，北连回龙乡。土地面积273平方公里，地势东北高，西南低。地形大部分为低山丘陵。年平均降雨量1700毫米，年平均气温在15C--19C之间，气候春暖夏秋爽，热盛于寒。