巴楚县隶属新疆维吾尔自治区喀什地区，位于新疆维吾尔自治区西南部，地处天山南麓，塔里木盆地和塔克拉玛干沙漠边缘。地理坐标东经77°22′30″-79°56′15″，北纬38°47′30″-40°17′30″，东与阿瓦提县、墨玉县相望，南与麦盖提县、莎车县、皮山县为邻，西与伽师县、岳普湖县毗连，北依柯坪山和喀拉塔格山为界与柯坪县、阿合奇县接壤，阿图什市在巴楚县东部境内。