木厂镇原是东晋时期苞信县（现境内鲍兴村）的放牧场，明朝中后期，牧民多沿淠河两岸放牧，后设厂为行政单位，明末清初改牧场为木厂，后因境内淠河水运发达而商贾云集，形成埠头，故又称作“木厂埠”。1945年木厂是六北县人民政府机关驻地，解放后是乡、公社、区所在地，1984年起设镇。九九年被省批准为“综合改革试点镇”，同时被列入“全省200个中心镇”，又列为“江淮分水岭”乡镇。