石莲子镇历史悠久，境内墩后村有距今五千年的大汶口文化遗址，东周时属莒国，秦时划入琅琊郡莒县，民国时期属莒县第七区，1939年7月属莒南县第七区，1958年1月改称石莲子乡，1960年1月改称许口公社，1981年10月改称石莲子公社，1984年4月15日机构改革，撤销石莲子公社，建立石莲子乡人民政府和小官庄乡人民政府，同时建立乡党委。1985年11月小官庄乡改名为王家沟乡。1994年12月经省政府批准王家沟乡撤乡设镇，建立汀水镇。1996年12月经省政府批准石莲子乡撤乡设镇，建立石莲子镇。2011年与汀水镇合并成立石莲子镇属莒南县至今。