昭苏县位于伊犁哈萨克自治州西南部，处于北纬43°09′～43°15′、东经80°08′～81°30′之间，为中亚内陆腹地的一个群山环抱的高位山间盆地。东与特克斯县接壤，南与阿克苏地区的拜城县、温宿县隔山相望，西与哈萨克斯坦交界，北与察布查尔县毗邻。边境线长约220千米，有国家一级口岸——木扎尔特口岸，2001年被国务院列为对外开放县。县境东西长约141千米，南北宽约132千米，总面积1.12万平方千米。县城海拔2018米，是伊犁州直唯一的五类艰苦地区县。