查孜乡气候严格受青藏高原大气候的制约，气候干寒，无霜期60---100天。基本可分为两个大气候带；即东南河谷地带，相对温暖、少风，呈半干旱气候，年平均气温4.5℃，最热月（七月）均温12℃，年降雨量400毫米左右；西北高山地带，为多风寒冷，呈半干旱气候，年平均气温4℃以下，年降雨量约300毫米，东南与西北气候的垂直变化较明显。查孜乡降水集中于6－9月份，这段的期几乎天天阴雨连绵，其余月份干旱少雨，风沙较多。